„Nastava u muzeju“ obuhvaća izvanučioničku nastavu, a usklađen je s nastavnim planom i programom biologije za osnovne i srednje škole. U okviru programa koriste se muzejski predmeti i svježi preparati za seciranje, a gradivo se nadopunjuje podacima o muzejskom fundusu. Cilj je programa prepoznati sklonosti učenika za bavljenje temama iz biologije, ekologije i zaštite prirode. Program se provodi od 2011., a obuhvaća sljedeće cjeline:

• „Ribe“- nastavna jedinica u sklopu koje sudionici seciraju svježe preparate hrskavičnih i koštunjavih riba. Uživo promatrajući razlike u unutarnjoj i vanjskoj građi tih dviju skupina riba stječu znanje o njihovoj ishrani, disanju, održavanju plovnosti u vodenom stupcu te razmnožavanju.
• „Mekušci“- jedinica uključuje predavanje o osnovnim biološkim karakteristikama mekušaca i praktični dio u kojem se sudionici na primjercima iz Zbirke mekušaca upoznaju s determinacijom vrsta. U radionici „Mekušci Jadranskog mora“ na svježim preparatima dagnje uočavaju glavne biološke karakteristike školjkaša.
• „Mala škola dendrokronologije“- nastavna jedinica koja se sastoji od predavanja o drvenastom bilju, načinu stvaranja i brojanja godova te radionice „Prstenovi života“ u kojoj sudionici uzimaju otiske godova drveća te na uzetom uzorku određuju biološki važne godine.
• „Biljna fiziologija kroz pokuse“- nastavna jedinica koja uključuje predavanja i pokuse na temu fiziologije biljaka (osmoza u gomolju krumpira, plazmoliza i deplazmoliza, mehanizam otvaranja i zatvaranja puči te ekstrakcija biljnih pigmenata).
• „Bodljikaši“- nastavna jedinica koja sadrži predavanje o biologiji i morfologiji morskih ježinaca te pokus „Umjetna oplodnja i rani embrionalni razvoj hridinastog ježinca Paracentrotus lividus“.