Zbirka minerala Trgovačko-obrtničke komore 1866. godine sastojala se od oko 200 predmeta. Zalaganjem Antuna Dropca (1810.-1882.) broj predmeta u zbirci tijekom godina rapidno je rastao. Dropcu su minerale poklanjali Dubrovčani, djelatnici instituta geologije iz Kaira, rudarskog instituta iz Rusije, Antonio Bey Figari, upravitelj kairskog muzeja, te profesor Antun Catullo. Privatne Dropčeve zbirke zajedno sa zbirkama Trgovačko-obrtničke komore postale su temelj za osnivanje Domorodnog muzeja. Prilikom otvorenja Muzeja 1873. godine na drvenim podložnim pločicama izloženo je više od 5000 minerala. Od 1931. do 1979. godine zbog čestih seljenja Muzeja i Zbirke broj predmeta je opadao. Do danas je sačuvano samo 585 primjeraka (444 inventarna broja).
Dokumentacija zbirke vodi se u računalnoj bazi podataka od 2015. godine. Zbirka minerala i stijena je od 2016. godine upisana u Registar kulturnih dobara Republike Hrvatske pod brojem 6590.
